小肠结肠炎耶尔森氏菌在分类学上，属于肠杆菌科耶尔森氏菌属。它具有很多肠杆菌科细菌的特性。通常用于肠道致病菌的培养方法都可以用于分离小肠结肠炎耶尔森氏菌。

根据耶尔森氏菌在生物化学上的多样性和DNA的相关性，可以将这个群体的成员分为4种：小肠结肠炎耶尔森菌，中间耶尔森氏菌，弗氏耶尔森菌和 克氏耶尔森菌。后来耶尔森氏菌属增加到11个种，其中有3种对人类有潜在的致病性：鼠疫耶尔森氏菌(Y.pestis)，小肠结肠炎耶尔森氏菌(Y.enterocolitica)和假结核耶尔森氏菌(Y.pseudotuberculosis) 。小肠结肠炎耶尔森菌是本属中间最重要的食源性致病菌。

小肠结肠炎耶尔森氏菌是30年代引起注意的急性胃肠炎型食物中毒的病原菌，为人畜共患病。潜伏期约摄食后3～7天，也有报导11天才发病。病程一般为1～3天，但有些病例持续5～14天或更长。

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